İSTANBUL‘da 4 hastadan alınan Kovid-19 virüsünün genetik haritası çıkarıldı. Virüsün genetik mutasyonlarından, Avrupa kaynaklı olduğu anlaşıldı. Bu mutasyon, illetin şiddetini artırmasa da PCR testlerinin hassaslığını etkileyebiliyor. Çalışmayı yürüten Prof. Dr. Sadrettin Pençe, “Yalancı negatif sonuçların engellenmesi için PCR testlerinin periyodik olarak bu mutasyonlara nazaran revize edilmesi gerekli. Ayrıyeten İstanbul’daki bir hasta ile Kayseri’deki bir hastaya bile farklı virüs bulaşmış olabilir” dedi.
İstanbul Medeniyet Üniversitesi (İMÜ) BİLTAM Laboratuvarı ve TÜBİTAK-MAM Gen Mühendisliği Enstitüsü’nden 7 bilim kişisinin yaklaşık 2 ay süren çalışması sonucu, İstanbul’daki hastalardan alınan Kovid-19 virüsünün genetik haritası çıkarıldı. İMÜ Tıp Fakültesi Talim Üyesi ve Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Sadrettin Pençe’nin yürüttüğü çalışma, virüsün genom mutasyonlarının izlenmesi, mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansının revize edilmesi ve aşı ya da ilaç geliştirilmesi üzere hususlara ışık tutacak. Çalışmanın birinci sonuçlarına nazaran İstanbul’daki hastalardan izole edilerek genetik haritası çıkarılan virüs, Avrupa kaynaklı. Prof. Dr. Pençe, “Çalışma Mart ayında başladı. Geçtiğimiz ay birinci aşamasını tamamladık. 4 hastadan aldığımız virüsün genetik dizilemesini yaparak National Center for Biotechnology Information (NCBI) gen bankasına yükledik. Salgın başladığından beri tüm yerküreden sonuçlar yükleniyor ve karşılıklı malumat alışverişinde bulunuluyor. Ülkelerarası mutasyon farkı olup olmadığı tespit ediliyor. Şimdiye dek yüklenmiş tüm gen haritaları ile memleketimizdeki Koronavirüs‘ü karşılaştırdık ve virüslerin Avrupa kökenli olduğunu bulduk” dedi.
“ÜRETİLECEK PCR TESTLRİ BUNA NAZARAN REVİZE EDİLMELİ”
Prof. Dr. Pençe, İstanbul’daki hastalardan elde edilen virüslerdeki mutasyonun, hastalık yapma şiddetine rastgele bir tesirinin olmadığını anlatarak “Bu fark şu açıdan değerli. Üretilecek yeni PCR testleri bu mutasyonlara nazaran revize edilmeli. Aksi taktirde yalancı negatif sonuçların önüne geçemeyiz ve bu da zincir halinde tedaviyi, velev filyasyonu, binaenaleyh salgınla mücadeleyi olumsuz etkileyebilir. Başkaca, yalnızca memleket ya da yerler arası değil; şehirlerarası bile virüs farklılık gösterebiliyor. Örneğin İstanbul’daki virüs ile Kayseri’de de bir çalışma var; oradaki virüs birebir değil. Örneğin Van’da da muhtemelen farklı bir mutasyon serisi olacaktır. Bizim bununla ilgili de bir girişim çalışmamız var tekrar TÜBİTAK ile birlikte. Bütün Türkiye’yi kapsayan bir Koronavirüs genom haritası çıkaracağız” diye konuştu.
“MUTASYON ‘N’ GENİNDE, BU GENİ KULLANAN TESTLER YANLIŞ SONUÇ VERİR”
Prof. Dr. Pençe, “Zaten şu anda binlerce mutasyon var. Bunun fonksiyonel tahlilini yapmak gerekiyor. Bu da illetin şiddetinde rastgele bir değişikliğe neden olup olmadığını tespit etmek manasına geliyor. Virüs genomundaki bu farklı dizilim marazın kliniğini etkilemese de bu dizilimi kullanan tanı kitlerinin sonuçlarını tesirler. Binaenaleyh değişik ortamlardaki hastalardan alınan virüs nizamlı aralıklarla taranmalı ve PCR testleri de belirlenen bu mutasyonlara nazaran tekrar düzenlenmeli. Kovid-19’da iki tanı aracı var. Biri antijen-antikor tanı kitleri, gayrısı de genetik tabanlı tanı kitleri, yani PCR testleri. Bizim tespitlerimizde, N geninde mutasyon bulduk. Şayet tanı kiti bu, N geni üzerinden çalışıyorsa, Türkiye’de sahih sonuç alamazsınız demek olur” dedi.
“YANLIŞ PCR SONUCU SALGINLA MÜCADELEYİ TOPTAN ETKİLEYEBİLİR”
PCR testlerinin yanlış sonuç verebilmesinin, tüm yerkürede tartışılan bir mevzu olduğuna değinen Prof. Dr. Pençe şunları vurguladı: “Bakıyorsunuz hasta ön tanı olarak Kovid müspet, hastanede tedavi görüyor fakat PCR testi negatif çıkıyor. Çin, İngiltere, İtalya, Almanya, ABD, yerkürenin her noktasından pekçok makale var bununla ilgili. Nedenleri hala tartışılıyor. Nedenler arasında dört etken konuşuluyor; münasip sürüntü alınmıyor, sürüntü müsait biçimde taşınmıyor, RNA izolasyonu makul yapılmıyor yahut bu testler emin ellerde çalışılmıyor. Biz bu çalışmamız ile bunlara beşincisini ekliyoruz ve diyoruz ki PCR tanı kitleri virüsteki bu mutasyonlara nazaran nizamlı olarak revize edilmezse, müspet bir hastanın sonucu negatif çıkabilir. Bunun için de birkaç ayda bir, nizamlı bir halde virüsün genetik diziliminin yapılması lazım. Velev devletimizin çeşitli ortamlarından, örneğin İstanbul’dan, Erzurum’dan, Gaziantep’ten, Koronavirüs genleri dizilenip oradan çıkacak mutasyonlar dikkate alınarak PCR kitleri dizayn edilmeli.”
“D614G MUTASYONU TÜRKİYE’DEKİ VİRÜSÜ DAHA ÖLÜMCÜL YAPMADI”
Çalışmanın bir başka aşamasının da illetin neden herkeste farklı tesir gösterdiğinin tespit edilmesi olduğunun altını çizen Prof. Dr. Sadrettin Pençe, laflarını şöyle tamamladı: “Koronavirüs niye bir kısım kişide semptom oluşturuyor, bir kısım kişisi entübe ettiriyor, bir kısım kişisi ağır bakımda yatırıyor, bir kısım beşerde da hiç semptom oluşturmuyor? Bunun yanıtını aramak istiyoruz. Tekrar bu günlerde yerküre gündeminde de tartışılan mevzulardan biri de D614g mutasyonu. Amerika ve Avrupa’da bu mutasyonun görüldüğü devletlerde illetin daha ölümcül seyrettiği cihetinde tartışmalar var. Fakat bu da tam olarak doğruyu yansıtmıyor zira sayısal biyoloji kullanılarak yapılan bir modelleme çalışmasının sonucu bu. Bu genetik dizilim yeni ortaya çıkmış değil. Birinci makale 26 Ocak’ta yayınlandı. Daha sonra da birçok çalışmada bu mutasyon görüldü. Lakin bu son tartışmalar, yeni bir makalede bu mutasyonun, virüsün virulansında (hastalık şiddeti) artmaya neden olduğunu söylüyorlar. Meğer biz de tıpkı dizilimi tespit ettik. İzlediğimiz 4 hastanın virüsünde de bu mutasyonlar mevcuttu. Fakat hastalık yapma şiddetinde rastgele bir değişiklik olmadığını gördük. Mutasyon tek başına bir şey söz etmez, bir mutasyonun fonksiyonel tahlili kıymetlidir. Bu da klinikteki sonuçlarını tespit etmek manasına gelir. Biz evvel fonksiyonel modelleme yapıyoruz daha sonra klinik sonuçlarıyla bunu karşılaştırıyoruz. Bizim karşılaştırmamızda bu türlü bir tesir yok.”
– İstanbul
Kaynak: DHA
Haberler.com
